1968년 12월 4일 김조인과 이복임 사이에서 태어났다. 김어준은 공무원인 아버지를 따라서 초등학교 졸업 후 중학교 2학년 때까지 미국에서 생활했다. 아버지는 굉장히 보수적이나 인문학적 소양이 있었고, 어머니는 인문소양보다 대단히 활달하고 통이 컸다고 하는데, 본인의 말로는 성격은 어머니를, 머리는 아버지를 닮았다고 평가한다.[1][2]
서울, 문일고등학교를 졸업하고(1987년) 서울대학교 진학을 시도하면서 3수를 하고 홍익대학교에서 공학 학사를 취득했다.
대한민국 여행 자율화가 이루어진지 얼마 안 된 시점에서 배낭 여행을 시작하여 80개국을 다녔다. 여행지 지하철 안에서 신문을 판매하거나, 배낭여행 설명회, 암달러상, 숙박업 등 각종 아르바이트를 해가며 경비를 마련했는데, 당시 경험은 강연이나 상담 등에서도 자주 소개하였다.[3][4]
1998년 딴지일보를 창간했다. 초창기에는 혼자 또는 대학교 후배들과 같이 기사를 써 나갔다.
2011년 10월 MBC 표준FM(95.9MHz) '김어준의 색다른 상담소'에서 하차한 이후 5년 만에 지상파 라디오 진행자로 섭외되어 교통방송에서 2016년 9월 26일부터 '김어준의 뉴스공장'의 진행을 맡았다.[5][6][7]
나꼼수 활동을 하며 주진우와 함께 공직선거법 위반으로 기소된 사건에서 국민참여재판 배심원 평결을 따라 무죄가 확정되었다.(대법원2015도1271)
2018년 2월 25일, 김어준은 자신의 팟케스트 방송 '다스뵈이다'에서 미투 운동이 문재인 정부 분열을 위한 공작에 사용될 것이라는 음모론을 펼쳤다.[9]
이에 대해 진중권 동양대학교 교수가 외부자들에 출연해 진영논리적 음모론이라고 비판하였다.[10]
코로나19 관련 발언
2020년 3월 6일 "TBS 김어준의 뉴스공장" 영상 중 김어준은 "어제부로 대구의 코로나 확진자 비율은 대구시민 560명당 1명이 됐습니다. 이런 추세라면 다음 주면 400명, 300명당 1명 꼴로 코로나 확진자가 대구에서 나오게 되겠죠. 중국이 정말 문제였다면 인구 2,300만 수도권은 왜 10만 명당 1명 꼴로 확진자가 나오겠습니까? 숫자가 명백히 말하고 있는 겁니다. 우리 코로나 사태는 대구 사태이자, 신천지 사태라는 걸. 그래서 이상하다는 겁니다. 보수 야당은 왜 대구 시민들이 요구하는 강제 수사를 검찰에 압박하지 않는가? 검찰은 왜 움직이지 않는가? 언론은 왜 그들을 비판하지 않는가?"라는 발언을 통하여 은연 중에 코로나 사태의 책임을 대구 시민들과 신천지 교인들에게 뒤집어씌우는 게 아니냐는 비난을 받았다. 대구 지역언론은 김어준을 비판했으나 TBS 측은 "신종 코로나바이러스 감염증(코로나19) 확산이 지역적으로는 대구에, 사회적으로는 신천지라는 종교의 특수성에서 비롯된 만큼 대구 시민의 안전을 지키기 위한 방역 대책도 이 두 지점에 초점을 맞춰야 한다는 점을 강조하기 위해 '대구 사태, 신천지 사태'로 표현한 것"이라며 해명하였다.