ჯონ მალხაზ შალიკაშვილი დაიბადა დიმიტრი შალიკაშვილის ოჯახში, რომელიც 1918-1921 წლებში დამოუკიდებელი საქართველოს ჯარში ვიცე-პოლკოვნიკის წოდებით მსახურობდა. საქართველოს საბჭოთა ოკუპაციის შემდეგ დიმიტრიმ თავი პოლონეთს შეაფარა. 1932 წელს ვარშავაში გრაფინია მარია ბელიაევაზე. დაქორწინდა ვარშავაში ცხოვრობდნენ სხვა კონტრაქტის ოფიცრებიც, რომლებმაც საქართველოს გასაბჭოების შემდეგ პოლონეთის ჯარში დაიწყეს კონტრაქტით მუშაობა, მათი მეთაური გენერალი ალექსანდრე ზაქარიაძე იყო. დიმიტრის ოჯახს ვარშავაში ცხოვრებისას სამი შვილი — ოთარი, მალხაზი და გეილი გაუჩნდათ. მალხაზ შალიკაშვილი ამ დროს ასევე ვარშავაში მოღვაწე გრიგოლ ფერაძემ მონათლა.
მეორე მსოფლიო ომში დიმიტრი გერმანელებთან ერთად ქართულ ბრიგადაში იბრძოდა საქართველოს ბოლშევიკური რუსეთისაგან გათავისუფლების მიზნით. შემდეგ, მისი სამხედრო ერთეული ბრიტანელებმა იგდეს ხელთ და ომის ბოლომდე მან სამხედრო ტყვეთა ბანაკში გაატარა. 1943 წელს დიმიტრის მეუღლე სამ შვილთან ერთად იძულებული გახდა დაეტოვებინა ცეცხლმოდებული ვარშავა და მათ პაპენჰაიმში (გერმანია) გაქცევით უშველეს თავს. ტყვეობიდან გათავისუფლებული დიმიტრი ოჯახს დაუბრუნდა.
1952 წელს შალიკაშვილები აშშ-ში გადასახლდნენ და ბინა პეორიაში (ილინოისის შტატი) დაიდეს. პეორიაში მალხაზმა დაამთავრა საშუალო სკოლა. 1958 წლის ივნისში მან მანქანათმშენებლობის ბაკალავრის ხარისხი მიიღო ბრედლის უნივერსიტეტში. 1958 წლის მაისში შალიკაშვილების ოჯახმა აშშ–ის მოქალაქეობა მიიღეს. შემდგომ მალხაზი საკუთარი ნებით შევიდა ამერიკის არმიაში, სადაც დაიწყო მისი სამხედრო კარიერა.
1993 წლის 25 ოქტომბერს, პრეზიდენტ ბილ კლინტონის გადაწყვეტილებით, გენერალი ჯონ მალხაზ შალიკაშვილი დაინიშნა შეერთებული შტატების შეიარაღებული ძალების შტაბების მეთაურთა გაერთიანებული კომიტეტის თავმჯდომარედ. 1997 წლის სექტემბერში, ამერიკის არმიაში 38-წლიანი მსახურის შემდეგ გენერალი შალიკაშვილი საკუთარი სურვილით გათავისუფლდა.
შალიკაშვილი იყო სტენფორდის უნივერსიტეტის პროფესორი, სადაც იგი მოღვაწეობდა საერთაშორისო უსაფრთხოებისა და თანამშრომლობის ცენტრში. 2004 წელს ჯონ მალხაზ შალიკაშვილი მრჩევლი იყო ჯონ კერის საპრეზიდენტო კამპანიაში. გენერალ შალიკაშვილს ჰყავდა მეუღლე და ერთი შვილი.
