Sepur Menoreh pertama kali beroperasi wiwit 21 September 2012 kanggo nggantiake layanan Sepur Senja Utama Semarang. Wiwit grafik lakuning sepur taun 2015, sepur iki sempat nglayani akehe loro kali lakuning esuk lan wengi. Nanging, pangoperasian sepur Menoreh I (jadwal esuk) dimandekake mulai 4 Oktober 2016 amarga tingkat okupansi sing sithik, dadi rangkening sepur sing ora dinggo digunakake kanggo pangoperasian Sepur Ambarawa Ekspres lintas Semarang Poncol–Surabaya Pasarturi.
Wiwit 10 Februari 2021, sepur Menoreh mandek ning Setatsiyun Pegaden Baru (Arah jakarta) kanggo nglayani panumpang.