ソビエト連邦の崩壊後の1992年1月29日、旧ソ連の原子力・産業省が改組され、新たに原子力担当省庁として設立された、ロシア連邦原子力省(Министе́рство по а́томной эне́ргии Росси́йской Федера́ции、略称:ミンアトムМинАтом)がロスアトムの起源である。
2004年3月9日に組織が再編され、ロシア連邦政府の中央省庁として、ロシア連邦原子力庁(Федера́льное аге́нтство по а́томной эне́ргии、通称:ロスアトム、РосАтом)となった。改組された原子力庁長官には、ボリス・エリツィン時代に首相を務めたセルゲイ・キリエンコが就任した。