同じ島の中南部に生息しているセロアスルゾウガメ C. vicina とその亜種よりもサンチャゴ島のサンサルバドルゾウガメ C. darwini の方が遺伝子的に近縁。イサベラ島の他のゾウガメや別の島の固有種であるピンタゾウガメ C. abingdonii、フロレアナゾウガメ C. niger、エスパニョラゾウガメ C. hoodensis との種間雑種が確認されている。中間型の背甲であるサンサルバドルゾウガメと近縁であることから本来の背甲の形状は中間型だと考えられているが、ドーム型と鞍型の個体も確認されており、他の島の固有種との交雑が原因の可能性が指摘されている。推定25000頭から1970年代初期には1000-2000頭まで減少したが、2010年代初期の資料では最低2000頭、推定7000-8000頭まで回復している[24]。
サン・クリストバル島のゾウガメ。この島では南西部、中央部、東部にゾウガメが生息しているが、1996年にピーター・プリチャード(英語版)が島の東部のゾウガメ個体群はまだ命名されていない亜種だとして C. chathamensis から除外するなど、島の東部の個体群は本種に含めるべきか定まっていない。かつては推定24000頭が生息していたとされるが、1933年頃までに島の南西部では根絶され、1970年代初期には推定500-700頭まで激減していた。だが、ヤギの個体数が比較的少なかったなど他の島に比べて外来種による影響が小さく、2005年に最低1170頭、2016年には推定6700頭まで回復した。この島では1970年代に野犬が根絶されたが、野生化したブタはまだ残っており、またブラックベリーやランタナが本種の移動を阻害しているなど、外来種の影響が残っている[25]。
3.CRITICALLY ENDANGERED (IUCN Red List Ver. 3.1 (2001))
ドーム型
2015年に提唱された新種だが、2017年時点で既にレッドリストでも独立した種として扱われている。以前はサンタクルス島のゾウガメは1つの種サンタクルスゾウガメ C. poeteri として扱われていたが、島の東部の「セロ・ファタル」に生息しているゾウガメは独立した新種 C. donfaustoi とされサンタクルスゾウガメ C. poeteri は島の西部「レセルバ」のゾウガメのみを意味するようになった。かつては推定13500頭が生息していたとされるが19世紀に激減した。2016年現在では推定400頭で生息数は増加傾向にあり、ガラパゴス国立公園のトータス・センターでも97頭が飼育されている[26]。
19世紀半ばに絶滅した種であり、最後に本種の存在が確認されたのは1831年から1837年の間だった。ただし、種間雑種は2017年現在でも生存していることが確認されており、飼育されているガラパゴスゾウガメの中には本種の遺伝子が8割を占める個体が存在する。また、イサベラ島のウォルフ火山ではベックゾウガメ C. becki との交雑種が生息していることが確認されている。2015年からこの種間雑種を繁殖させてフロレアナ島に返すことで島の生態系を回復させようという計画が進められている[11]。2014年の論文で属名が男性形であることから種小名も属名に合わせて末尾を変更するべきだと提唱され、学名がC. nigra からC. niger へと変更された[31]。C. elephantopus を使用している文献もあるが、この名称は2009年のTTWG(英語版)で疑問名とされておりレッドリストでは使用非推奨となっている[11]。
3.CRITICALLY ENDANGERED (IUCN Red List Ver. 3.1 (2001))
ドーム型
かつては島東部の個体群も本種に含められていたが2015年の論文で独立した種 C. donfaustoi であるとされ、サンタクルスゾウガメは島西部に生息しているゾウガメのみを意味するようになった。島の北西部にもごく小さな個体群が生息しているが、こちらは遺伝子学的にピンソンゾウガメと区別できないことから人為的に移入されたものだと考えられている。かつては推定約35000頭が生息していたが1970年代には推定2000-3000頭まで減少し1996年のレッドリストではENに分類された。ただし、ENと評価されていたのは東部の個体群もサンタクルスゾウガメに含められていた頃のものであり、2010年の生息数が推定3400頭と増加傾向にはあるものの2017年時点での分類はCRに下がっている。また、カメの移動経路がフェンスや道路で寸断されていることなどが懸念されており、カメと自動車との事故も発生している。島の西部に新たな道路の開通を要望する意見もあり、本種の生息数に大きな悪影響を及ぼす可能性がある[12]。
イサベラ島中南部
かつてはイサベラ島中南部の各火山を生息地とする分類群としてベックゾウガメ C. becki 及びセロアスルゾウガメ C. vicina とは同等に扱われていたが、1996年にピーター・プリチャード(英語版)によってセロアスルゾウガメ C. vicina の下位分類とされ、イサベラ島に生息する種はベックゾウガメ C. becki とセロアスルゾウガメ C. vicina の2種とする意見がある[32]。#系統樹でも示したように、この3つはセロアスルゾウガメと遺伝子的に明確に分けることができない[21]。
ディエゴはエスパニョラゾウガメ C. hoodensis の個体[36]。正確な時期は不明だが1900年以降の学術的調査で捕獲されて以来[注釈 6]米国カリフォルニア州のサンディエゴ動物園で飼育されていたが[37][38]、1977年にガラパゴス諸島に戻された[36]。当時、チャールズ・ダーウィン研究所では1960年代に14頭まで減少したエスパニョラゾウガメを全て保護して繁殖計画を実施しており[注釈 7]、ディエゴは3頭目のオスとしてこの計画に加わることになった[39]。遺伝子学的解析から繁殖計画で生まれ島に返されたカメの両親の組み合わせには偏りがあることが確認されており、ディエゴ以外のオス2頭とはほとんど交配しなかったメスもいたことから[40]、Michel C. Milinkovitchらはディエゴの存在は繁殖計画において重要だったと述べている[41]。
^出典につけた論文では「Galápagos giant tortoises can be classified into 15 species based on genetic data.」(訳:ガラパゴスゾウガメは遺伝子データに基づいて15種に分類できる。)とあるが、この記述の出典となっている論文(N. Poulakakis, et al. 2015)では単に「taxa」(分類群)として記載されている。
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