ガンジスカワイルカは1801年にDelphinus gangeticusとしてHeinrich Julius LebeckとWilliam Roxburghによって別々に記載されており、Roxburghに先取権があるとする説もあった[11]。のちの研究により、Lebeckの記載が先行して発表されたことが確認されている[9]。
ガンジスカワイルカP. gangeticaとインダスカワイルカP. minorの2種とする説がある[12]。一方でこれらは外観では区別できず、内部形態でも個体単位では区別ができないとして1種にまとめ2亜種とする説もある[12]。本属をガンジスカワイルカ1種とする分類での英名としてSouth Asian river dolphinやIndian river dolphinがあり[8]、和名の別名としてインドカワイルカがある[4][6]。
2021年に、頭骨・外部形態やミトコンドリアDNAハプロタイプの比較から地理的・生殖的隔離が進んでいるとして、2種とする説が提唱された[9]。以下の分類は、Braulik et al. (2021) に従う[9]。和名・英名・分布は、粕谷 (2000) に従う[12]。
^ abUNEP (2018). Platanista gangetica. The Species+ Website. Nairobi, Kenya. Compiled by UNEP-WCMC, Cambridge, UK. Available at: www.speciesplus.net. (Accessed 09/02/2018)
^Dale W. Rice, 1998. “Family Platanistidae”, Marine mammals of the world: systematics and distribution, Society of Marine Mammalogy, Special Publication Number 4, pp. 92-93.
Smith, B.D., Braulik, G.T. & Sinha, R. 2012. Platanista gangetica ssp. gangetica. The IUCN Red List of Threatened Species 2012: e.T41756A17627639. doi:10.2305/IUCN.UK.2012.RLTS.T41756A17627639.en. Downloaded on 09 February 2018.
Braulik, G.T., Smith, B.D. & Chaudhry, S. 2012. Platanista gangetica ssp. minor. The IUCN Red List of Threatened Species 2012: e.T41757A17628296. doi:10.2305/IUCN.UK.2012.RLTS.T41757A17628296.en. Downloaded on 09 February 2018.
Randall R. Reeves, Brent S. Stewart, Phillip J. Clapham and James A. Powell, National Audubon Society Guide to Marine Mammals of the World, Alfred A. Knopf, Inc. (2002). ISBN 0-375-41141-0.