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本願寺（ほんがんじ）は、寺院の名称である。

各地に同名の寺院があるが、一般には本願寺系の浄土真宗（真宗）各派の本山である「本願寺」を指すことが多い。浄土真宗における寺号の由来は、13世紀に親鸞の廟堂に対して亀山天皇より下賜された「久遠実成阿弥陀本願寺」（くおんじつじょうあみだほんがんじ）であるとされる。

16世紀末期に東西に分裂し、東側は20世紀後期に発生したお東騒動の影響でさらに分裂した。

東西分裂前の本願寺については本願寺の歴史を参照。

本願寺系各派の本願寺

本願寺（通称：西本願寺）: 京都市下京区堀川通り花屋町下る本願寺門前町にある浄土真宗本願寺派の本山。; 正式名称は「龍谷山本願寺」。; 豊臣秀吉が寄進した土地を寺域として成立^[1]
真宗本廟（通称：東本願寺）: 京都市下京区烏丸通り七条上る常葉町にある真宗大谷派の本山。; 正式名称は「真宗本廟」（1987年（昭和62年）までは「本願寺」が正式名称）。; 徳川家康が寄進した土地を寺域として成立^[1]
浄土真宗東本願寺派本山東本願寺: 東京都台東区西浅草一丁目にある浄土真宗東本願寺派の本山。; もとは真宗大谷派の別院「東京別院東京本願寺」。; 1981年（昭和56年）6月15日、お東騒動の影響で大谷光紹により真宗大谷派から離脱・独立し「東京本願寺」となる。; 1988年（昭和63年）2月29日、「東京本願寺」と大谷派からの離脱に賛同寺院により「浄土真宗東本願寺派」が結成され、「東京本願寺」が本山と定められる。; 2001年（平成13年）に、本山の名称を「東京本願寺」から「浄土真宗東本願寺派本山東本願寺」へと変更することが文部科学省に認証される。
本山本願寺 (京都市山科区): お東騒動によって真宗大谷派から離脱した財団法人本願寺維持財団理事長の大谷暢順とその長男・光輪らにより設立する。1999年（平成11年）に宗教法人として認証。京都市山科区上花山の東山浄苑を拠点として活動しているが、法人としての登記は京都市伏見区下鳥羽北三町89である。; 正式名称は「本山本願寺」であるが、「浄土真宗大谷本願寺派」とも言う。
嵯峨野本願寺 (京都市右京区): 京都市右京区嵯峨鳥居本北代町にある寺院。お東騒動によって真宗大谷派から離脱し、大谷本願寺（本願寺寺務所）として活動してきた大谷暢道（大谷光道）が2005年（平成17年）に設立。2007年（平成19年）に宗教法人となる。; 「嵯峨本願寺」とも言う。
築地本願寺: 東京都中央区築地三丁目にある浄土真宗本願寺派の寺院。京都・西本願寺による唯一の直轄寺院で、同寺の法主が代々住職を兼務する。