2005年3月には、PlayStation 2専用ゲーム『機動戦士ガンダム 一年戦争』の発売に併せて、「ガンダム Ver.ONE YEAR WAR 0079」が発売される。これは脚部フレームなどはVer.1.5の物を流用しつつもより可動を追求した設計になっており、最大の特徴はコアブロックを省略して胴を捻るなどの可動を実現したことである。成形色はゲーム設定に合わせた彩度を抑えたもので併せてジオン側MSも同ゲームカラー版が発売されている。発売から2年後の2007年7月に、アニメ設定に近い成形色の「アニメーションカラー」版が発売。
2019年4月、プレミアムバンダイ内のホビーオンラインショップにて、受注生産限定品としては初の試みである金型からの完全新規造形キット・ガンダムF90の予約が開始された。設定同様26のミッションパックが装着可能で、素体と同時予約でEタイプ&Sタイプの受注も始まった。同時に「F90 A to Z PROJECT」を立ち上げ、各ミッションパックならびにF90IIなどの素体をオンライン限定で順次展開していく。
^2005年12月配布の小冊子「10 YEARS ANNIVERSARY MASTER GRADE HISTORY FILE」では、「ハイパーモード Gガンダム」、「ハイパーモード マスターガンダム」、ゲームカラーバージョンの4種もカウントされており、現在83番目の「ゼータガンダム Ver.2.0」がNo.089となっていた。