ハプログループD (mtDNA)（ハプログループD (ミトコンドリアDNA)、英: Haplogroup D (mtDNA)）とは、分子人類学で用いられる、人類のミトコンドリアDNAハプログループ（型集団）の分類のうち、ハプログループMを祖先に持ち「4883 5178A 16362」により定義されるものである^[1][2][3]。

ハプログループDは48000年前に東アジアで誕生し、東アジア・東南アジア・北アジア・中央アジアそしてアメリカ大陸に至るまで広範囲に観察される。形質人類学におけるモンゴロイドの分布域と概ね重なる。日本人の約41%-42%がこの系統に属する^[4][5][6]、D4は日本人の30%以上が属す最も高頻度のグループとなっているが、D5は僅か5％程度となっている^{[7][8][9][10][11][12]}。長寿の傾向がある遺伝子とされている^{[7][8][9][10][11][12]}。 中国中部が起源とされるハプログループDは、35%以上の日本人が該当する最大のグループである。 日本以外では中国や朝鮮半島にも多く、東アジア集団を特徴づけるグループといえる。 「稲作の民」の祖先は、中国中部で原始的な稲作を開始し、その技術とともに日本へやって来たことで 弥生時代の到来に貢献したと考えられている。

大別すると「D4」と「D5・D6」という2つの系統がある。

• D
  • D4 (3010, 8414, 14668)　:日本人で最も多いグループであり^{[7][8][9][10][11][12]}、北東アジアでよくみられ、日本人、朝鮮民族などでは最も高頻度で観察されるタイプであり、とりわけ日本人に於いてその頻度が高い。^{[6][5][13][14][15][4][16]} ウィルタ、ブリヤート、カルムイク人、テレンギト人などでも最もよく見られるタイプである^[13][17]。中国・中国西部・中央アジア、アメリカ先住民で広く観察される^{[18][19][20][21][22][23][24]}。パレオ・インディアンやロシア沿海州（悪魔の門）及び中国東北部の新石器時代初期の遺跡（吉林省大安市にあるホウタオムガ遺跡、内モンゴル自治区通遼市にあるハミンマンハ遺跡等）でも最も頻繁に見られるハプログループである。
  • D5・D6 (16189)　: D5はD4よりも長い歴史を持ち^[7][8][9]、3万7千年から3万2千年前頃に誕生したとされており^[7][8][9]、D5'6 (16189) は主に東アジアと東南アジア、特に中国、韓国、日本で見られます。 D5a2a2 サブクレードが流行しているが、アメリカ大陸への移動には参加していないようであり、中央アジア、北アジア、南アジアでの頻度は一般的に低い (57/423 = 13.48%) [51] )ヤクートの中で、歴史的にモンゴル拡大の圧力の下でシベリアに移住したテュルク語を話すグループ。^{[25][7][8][9][10][11][12][26]}。主に韓国、日本、中国南部で見られ、特に漢民族で観察頻度が高い、他は東南アジアでも見られる。英語版^[27][28][29] 。中央アジア、インド東部でも低頻度で見られるが、下位系統のD5a2a2がシベリアのヤクートでよくみられる^[30]。D5の有名人はAAAの西島隆弘、上田晋也、濱田龍臣、糸井重里^[31]。

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