1817年、神学教授職のエレアザール・トムソン・フィッチは、神学のカリキュラムを授与する学生の要求をサポートし、5年後にはイェール大学によってイェール神学校が設立された。同じ動きで、「第二次大覚醒」の神学者ナサニエル・ウィリアム・テイラー（Nathaniel William Taylor）が、最初のドワイト席の神学教授法に指名された。[1]テイラーは神学校設立の「中心人物」と見なされ、1826年に神聖言語学者で辞書編集者のチャウンシー・A・グッドリッチが、1839年にジョサイア・ウィラード・ギブス・シニアが加わった。 1836年に大学の旧キャンパスに神学部専用の学生寮が完成したが、南北戦争が終了してから数年後まで、神学部には常設の教室やオフィスがなかった。
同じくニューヘイブンにある米国聖公会のバークレー神学校（Berkeley Divinity School）は、1971年にイェール神学校と提携し、同年に神学士号に代って神学修士号を付与することになった。バークレー神学校は米国聖公会とのつながりを維持し続ける一方、その学生はイェール神学校のメンバーとして認められている。イェール大学のジョナサン・エドワーズ・センターは神学校の部門であり、1720年のイェール大学卒業生で会衆派神学者ジョナサン・エドワーズに関する主要な資料資料の大規模なコレクションを保管している。宗教音楽院（Sacred Music Institute）は、神学校と音楽学部と共同で運営していて、合唱指揮、オルガン演奏、声楽、教会音楽研究、典礼研究、宗教と芸術のプログラムを提供している。
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