Successivamente conseguì la cattedra come professore di storia alle università di Königsberg (1869), Bonn (1877) e Lipsia (1884). Prima di lui vi era Carl von Noorden.
Come storico protestante, Maurenbrecher si sentì obbligato a trattare obiettivamente la storia cattolica. Condivise le opinioni di Ranke per quanto riguarda l'origine comune delle riforme protestanti e cattoliche.
Maurenbrecher descrisse lo studioso olandese Erasmo come pioniere e sostenitore della riforma cattolica.[2]
Opere
Opere che riguardano la Riforma tra i quali:
England im Reformationszeitalter (Düsseldorf, 1866).
Karl V. und die deutschen Protestanten (Düsseldorf, 1865).
Studien und Skizzen zur Geschichte der Reformationszeit (Leipzig, 1874).
Geschichte der Katholischen Reformation (Nördlingen, 1880, incompleto).
Altre opere di Maurenbrecher
Gründung des deutschen Reiches 1859-1871 (Leipzig, 1892; 1902).
Geschichte der deutschen Königswahlen (Leipzig, 1889).