La squadra venne rifondata nel 1946 ancora con il nome Unione Sportiva Arsenale; ammessa in Prima Divisione 1946-1947, vinse il campionato ed ottenne la promozione in Serie C. Mantenne la categoria dal 1947-1948 al 1950-1951, stagione in cui retrocesse in Promozione. Dopo la retrocessione la squadra si sciolse, come annunciato sui quotidiani sportivi del 31 agosto 1951.
Cronistoria
Cronistoria dell'Unione Sportiva Arsenale
agosto 1944: fondazione della Società Sportiva Lega Arsenalotti, che partecipa al Campionato Provinciale, classificandosi al 2º posto; dopo qualche mese assume la denominazione Società Sportiva Lega Arsenale.
1944-1945: semifinalista del Campionato Siciliano.
1945: fusione con l'U.S. Peloro e la S.S. Tenente Mario Passamonte, nasce l'A.S. Messina.
1946: rifondazione con il nome di Unione Sportiva Arsenale.
1946-1947: 1° in Prima Divisione Siciliana. Promossa in Serie C.