L'Unión Deportiva Melilla nacque nel 1943 dalla fusione della Juventud Español e del Melilla Fútbol Club, per poi sciogliersi nel 1956.
Dalle ceneri di quest'ultimo club sorse il Melilla Club de Fútbol, il quale nel 1976 si fuse con la Sociedad Deportiva Melilla (fondata nel 1971), dando vita all'attuale società.