Il club è stato fondato il 3 ottobre 1927 dalla fusione del Setia Football Club, Numancia Football Club e Sporting Football Club.[1]
Dopo aver gareggiato in tutte le categorie del calcio regionale aragonese, l'Ejea è stato promosso per la prima volta in Tercera División nella stagione 1956-1957.
Il 24 giugno 2018, l'Ejea è stato promosso per la prima volta in assoluto in Segunda División B dopo aver trionfato nei playoff della promozione.
Dopo una prima stagione in terza divisione in cui il club ha evitato con successo la retrocessione.
Il 27 giugno 2019, l'Ejea ha concordato termini di collaborazione con l'Huesca per diventare la loro squadra di riserva per la stagione 2019-2020.[2]