Le scosse iniziarono alle 5.12 del mattino al largo della faglia di Sant'Andrea e furono percepite su tutta la costa del Pacifico dall'Oregon fino a Los Angeles e nell'interno fino al Nevada. Come successe per il grande Terremoto del Kanto, che distrusse Tokyo e Yokohama in Giappone il 1º settembre 1923, la maggior parte delle morti e dei danni alla città furono causati dall'incendio che scoppiò in seguito al terremoto, piuttosto che dal terremoto stesso durato fino alle 5:13 circa.[1]
Al principio si contarono 478 morti, ma in seguito si scoprì che il disastro fu molto più grande e che fu sottostimato dalle autorità dell'epoca, specialmente per quanto riguarda l'area dove viveva la popolazione cinese. La cifra approssimativa che più si avvicina alla realtà è quella di almeno tremila deceduti, la maggior parte all'interno della città di San Francisco, mentre altri 189 morti furono registrati nel resto della baia di San Francisco. Altre città che furono colpite da questo terremoto furono Santa Rosa, San Jose e l'area circostante l'Università di Stanford.
Si calcola che fra le 225.000 e le 300.000 persone persero l'alloggio su un totale di 400.000 abitanti. La metà si rifugiò sull'altro lato della baia di Oakland.
Il sisma fu documentato dal giornalista e scrtittore Will Irwin. La città che fu, la più importante storia di Irwin e il capolavoro che lo rese uno scrittore professionista, fu il suo reportage per corrispondenza per The Sun, a New York.
Entro il 2012[2] era previsto un live-action prodotto dalla Pixar Animation Studios distribuito dalla Warner Bros. e Walt Disney Pictures, diretto da Brad Bird, chiamato 1906. Il film avrebbe dovuto trattare il terremoto avvenuto a San Francisco, appunto, nel 1906, ma non fu mai più realizzato a causa di difficoltà legate alla sceneggiatura e alla lunghezza del film stesso.
Nella serie videoludica Don't Starve, l'ex antagonista Maxwell è il responsabile del terremoto a causa del potere che ha evocato la sera prima della tragedia durante il suo ultimo spettacolo.