La Tercera División 2016-17 è il quarto livello del calcio spagnolo. Inizierà nell'agosto 2016 e si concluderà a fine giugno 2017 con la fase finale del play-off. Le prime 18 squadre eleggibili in ciascun gruppo giocheranno i playoff della promozione. Il campione di ogni gruppo si qualificherà per la Coppa del Re 2017-18, più le migliori 14 seconde classificate. Se il campione o la seconda classificata sono una squadra di riserva, la prima squadra non qualificata si unirà alla Coppa. In ogni gruppo, almeno tre squadre saranno retrocesse nelle divisioni regionali.
Partecipano le 18 squadre vincitrici dei rispettivi gironi, le 9 vincitrici verranno promosse direttamente in Segunda División B 2017-2018, mentre le 9 eliminate entreranno al secondo turno del play-off "piazzate".
Al primo turno partecipano tutte le squadre classificatesi al secondo, terzo e quarto posto nei rispettivi gironi. Il regolamento prevede che le seconde classificate si sfidino contro le quarte (purché di diverso girone), mentre le terze giocheranno tra loro.