SunExpress Deutschland venne fondata l'8 giugno 2011 come una sussidiaria di SunExpress ed iniziò le sue operazioni di volo con tre Boeing 737-800. L'obiettivo era quello di operare le rotte dalla Germania verso il Mar Rosso, tratte che vennero servite per la prima volta nel 2 novembre 2011. La compagnia successivamente sviluppò una rete di destinazioni charter in Europa meridionale e nel Nordafrica.
Nel febbraio del 2015 venne annunciato dal gruppo Lufthansa che SunExpress Deutschland avrebbe operato per Eurowings sui voli a lungo raggio. Per rendere possibile ciò, nel novembre del 2015, venne istituita una nuova base all'Aeroporto di Colonia-Bonn dove vennero basati 7 Airbus A330-200. A marzo 2018 Eurowings spostò 3 dei 7 Airbus all'Aeroporto di Monaco di Baviera.
Flotta
Al momento della chiusura nel 2020, la flotta di SunExpress Deutschland era composta dai seguenti aeromobili:[4]