Gioca tutta la carriera giovanile con i Moncton Wildcats, squadra della QMJHL. Nel 2001-2002 risulta nell'All-Rookie Team, mentre nella stagione 2002-2003, la migliore dal punto di vista realizzativo, risulta nel Second All-Star Team della lega, anche grazie ai 49 gol e 52 assist messi a segno.[1]
Nel draft del 2003 è la sedicesima scelta totale, che spetta ai San Jose Sharks, squadra che però lo lascia altre due stagioni a Moncton. Nel 2004 arriva fino in finale dei playoff di QMJHL con la sua squadra, che viene eliminata, in cinque gare, dai Gatineau Olympiques. Al termine della stagione 2004-2005, in cui è autore di 35 gol e 36 assist (71 punti), gli Sharks lo mettono sotto contratto per tre anni.[2]
La sua prima stagione da professionista fu divisa tra gli Sharks e la loro squadra affiliata dell'AHL, i Cleveland Barons. Il suo primo gol in NHL arrivò il 12 novembre 2005 contro i Dallas Stars.[3] Chiuse la regular season con 27 punti, frutto di 13 gol e 14 assist, a cui aggiunse 1 gol e cinque assist nei playoff, in cui gli Sharks furono eliminati al secondo round.
Nel corso della stagione successiva Bernier, a causa di un infortunio, passò un periodo in AHL con i Worcester Sharks, per poi tornare, in febbraio, in prima squadra.[4] A metà della stagione seguente fu ceduto ai Buffalo Sabres, assieme alla prima scelta al draft successivo ed in cambio di Brian Campbell e della settima scelta al draft. Realizzò i suoi primi gol con la nuova maglia il giorno dopo, con una doppietta (cui aggiunse un assist) nella vittoria per 8-4 con i Nashville Predators. Diventato free-agent alla fine della stagione, passò ai Vancouver Canucks in cambio della seconda scelta al draft del 2010 e una del terzo round del 2009.[5] Il periodo in Canada lo vide spesso infortunato e retrocesso, infine, in terza linea. Il 25 giugno 2010 passò ai Florida Panthers, con cui fu costretto a saltare, a causa di un infortunio, la seconda parte della stagione, chiudendo con 5 gol e 10 assist.[6]
Ancora una volta free-agent in vista della stagione 2012-12 accettò un contratto di tipo two-way con l'organizzazione dei New Jersey Devils. Dapprima scese in campo con la squadra affiliata in AHL degli Albany Devils.[7] Nel gennaio del 2012 Bernier prolungò per un altro anno con i Devils, arrivando nella stessa stagione alla finale della Stanley Cup, persa con i Los Angeles Kings.[8]
Il 3 febbraio 2013 ha realizzato la sua prima doppietta con la squadra del New Jersey, decisiva per la vittoria sui New York Islanders (3-0).[9] Ha chiuso la seconda stagione con i Devils con 8 gol e sette assist in 47 partite, ma la squadra non è arrivata ai playoff.
Il 17 settembre 2015, dopo aver lasciato i Devils da free agent, ha firmato per i New York Islanders.
