Nella stagione 1972-1973 il Southport si aggiudica il campionato di Fourth Division, ottenendo una nuova promozione in terza serie.[1] Il seguente campionato in terza divisione si concluse però con l'immediato ritorno in quarta serie dei Yellows.[1]
Al termine della Fourth Division 1977-1978 il Southport non viene rieletto e lasciò la EFL, tornando a giocare in campionati Non-League[1]; il miglior piazzamento conseguito nell'arco dei decenni successivi è il secondo posto nel campionato 1994-1995 in Conference League (quinta divisione). Nella stagione 1997-1998 il club ha inoltre raggiunto per la prima volta nella sua storia la finale di FA Trophy, perdendola con il punteggio di 1-0 contro il Cheltenham Town.