Durante l'assedio di Takamatsu Muneharu resistette a lungo alle truppe del clan Oda guidate da Hideyoshi anche dopo che il castello fu allagato. Dopo l'incidente di Honnō-ji Hideyoshi mediò con i Mōri (che non erano a conoscenza della morte di Nobunaga) la fine dell'assedio e l'abbandono della provincia da parte dell'esercito Oda. L'unica richiesta di Hideyoshi fu la testa di Muneharu.
Alla fine Muneharu fu quindi costretto ad arrendersi e a commettere seppuku per risparmiare la guarnigione del castello[2]. Muneharu dovette suicidarsi su una barca in piena vista dell'esercito Oda.[3]
La testa di Muneharu fu portata al campo di Hideyoshi sul monte Ishii per l'ispezione e poi fu sepolto nelle vicinanze. Tuttavia nel 1910 fu trasferito al sito del castello per renderlo più accessibile ai molti visitatori.
Il figlio di Muneharu, Kageharu, continuò a servire la famiglia Kobayakawa. Aveva anche un altro figlio di nome Muneyuki.
^Per i biografati giapponesi nati prima del periodo Meiji si usano le convenzioni classiche dell'onomastica giapponese, secondo cui il cognome precede il nome. "Shimizu" è il cognome.
^(EN) Stephen Turnbull, The Samurai Sourcebook, London, Cassell & C0, 2000, p. 231-232, ISBN1-85409-523-4.
^(EN) Stephen Turnbull, Toyotomi Hideyoshi, Oxford: Osprey Publishin, 2010, p. 26, ISBN1-84603-960-6.