La compagnia aerea venne fondata nel novembre 1993 come Transmile Air. Raya Airways iniziò le operazioni con un Boeing 737 e un Cessna Grand Caravan per fornire un servizio di trasporto espresso aereo a Pos Malaysia Berhad per la sua attività di corriere verso la Malaysia orientale nel novembre 1993.
Nel 2000 è stato accolto nella flotta il primo Boeing 727; in cinque anni, per la crescente domanda di servizi di trasporto merci nella regione, Raya Airways ha aumentato la sua flotta di Boeing 727 a 10. Come parte della strategia per espandere le proprie operazioni e la rete di collegamenti, Raya Airways ha acquisito quattro MD-11 nel 2005.
Dal 2002 al 2006, Raya Airways ha fornito un servizio di trasporto aereo di merci ad Air Macau.