Nel 1980 non è stato accettato all'Alta scuola di arti musicali di Bratislava perché il suo concetto di musica, in quel momento, era stato fortemente influenzato dalle avanguardie occidentali e considerato troppo alternativo per la scuola.
A 27 anni, Machajdík si è laureato presso l'Università di Economia di Bratislava. Il suo primo riconoscimento internazionale come compositore è arrivato con il suo lavoro multimediale Intimate Music con David Moss a Inventionen 1994 a Berlino. La sua prolifica produzione da allora è stata eseguita e trasmessa in tutto il mondo e la sua produzione musicale non si è rivolta solo alla musica per concerti, ma anche quella per il teatro, il cinema, la danza moderna e le arti visive.
Machajdík ha ricevuto numerose commissioni e riconoscimenti tra cui: Fondazione Kulturfonds, Fondazione Russolo-Pratella[2], Fondo Musicale Slovacco, Radio della Repubblica Ceca, Germania Accordion Society e da Bratislava Music Festival. Machajdík è stato anche il compositore in residence presso Schloss Wiepersdorf in Niederer Fläming, Germania, a Künstlerhäuser Worpswede, a Künstlerhaus Lukas[3] in Ahrenshoop sulla costa tedesca del Mar Baltico, e presso Künstlerhaus Judenburg[4]. Nel 2006 ha ricevuto il Premio "Ján Levoslav Bella"[5], il premio più significativo per la musica in Slovacchia.
Peter Machajdík è docente presso la Facoltà di Belle Arti[6] dell'Università di Košice.
Alcune opere significative
Natural Harbors[7] per violino, viola, violoncello, contrabbasso e pianoforte (2022) 15 min
The Lost Blue - Still Connecting[8] per flauto, percussion (vib, crotali) e pianoforte (2022) 14 min
Converging Understandings[9] per 2 flauti, 2 oboi, 2 clarinetti, 2 fagotti, 2 corni (2022) 11 min
2012: A MARVELOUS LOVE - New Music for Organ[20] (Carson Cooman suona musiche di Peter Machajdík, Patricia Van Ness, Jim Dalton, Tim Rozema, Al Benner, Thomas Åberg e Harold Stover.), Albany Records, TROY1357
2012: THE IMMANENT VELVET[21] (Composizioni per pianoforte, chitarra, violoncello, arpe e orchestra d'archi), Azyl Records, R266-0024-2-331
Ha collaborato con diversi artisti, tra i quali: Floraleda Sacchi, Jon Anderson, Guido Arbonelli, Piero Salvatori, Ivano Ascari, David Moss, Carson Cooman, conduttori Anu Tali, Gum Nanse, Aleksander Gref, Peter Breiner, Miran Vaupotich, Maria Makraki, Ondrej Koukal e Karol Kevický, il Janáček Philharmonic Orchestra, l'Orchestra Filarmonica di Košice, l'Orchestra Sinfonica della Radio Nazionale Slovacca, Slovak Chamber Orchestra, Camerata Europea, Coro da Camera Ave, Slovak Sinfonietta, Veni Ensemble.