A Panama, Ursúa represse una rivolta di cimarrón (ex-schiavi) invitandone il capo Bayano a discutere una tregua, per poi catturarlo e mandarlo da re Filippo II di Spagna.[1] Ursúa setacciò anche l'Amazzonia alla ricerca di El Dorado e di Kambeba con Lope de Aguirre. Aguirre uccise Ursúa, forse perché questi non gli aveva permesso di portare la moglie nella spedizione, o più semplicemente nel corso di una lotta di potere.[2]
Il romanzo "Ursúa" di William Ospina è diventato una delle principali fonti su Pedro de Ursúa. Il libro fornisce dettagli sulla vita di Ursúa, e degli eventi accaduti nel Nuovo Mondo verso la metà del XVI secolo.
