Deriva dal nome medievalePagano, basato sull'omonimo aggettivo, che alla lettera significa "paesano", "campagnolo", risultando quindi affine per semantica a Rustico e a Villano e opposto ad Urbano[1][2].
Etimologicamente, infatti, l'aggettivo "pagano" viene dal latinopaganus, a sua volta dalla radice pagus ("villaggio", "paese"), mentre il senso religioso del termine (cioè "idolatra", "praticante del paganesimo") è giunto successivamente, probabilmente sviluppandosi per opposizione al termine cristianomiles Christi ("soldato di Cristo")[2][3][4].
Dato che il termine acquisì questo secondo significato dopo che il cristianesimo divenne religione di stato dell'impero romano, non è chiaro come il nome abbia potuto essere diffuso durante il Medioevo[2]. In tale periodo, oltre che in Italia[1], era in uso anche in Inghilterra, spesso in forme vernacolari come Payn, e diede origine anche a diversi cognomi (inclusi Pagan e Payne); pressoché estinto con l'arrivo della Riforma Protestante, i pochi esempi successivi sono perlopiù riprese del cognome, anche se il nome ha nuovamente fatto capolino sul finire degli anni 1960[2].