Il club nacque il 1º maggio 1914, durante il periodo asburgico, come Željezničarski športski klub Viktorija ed i fondatori furono B. Krčelić, Ć. Došek, J. Komotar, M. Najman e J. Soltan e il presidente Viktor Hein. Era una polisportiva, oltre al calcio vi erano sezioni di atletica leggera, ciclismo, hazen, bowling, boxe, sport invernali, ping pong.[1]
Il primo campo di gioco fu allestito dietro le officine della stazione ferroviaria, ma dopo la prima guerra mondiale ha usufruito di quello dello Zagrebački športski klub Viktorija, sito in Miramarska cesta. Nel 1919 cambiò il nome in Športski klub Željezničar. Nel periodo interbellico militò nella 1. razred della sottofederazione di Zagabria (ZNP), che vinse in due occasioni: con la seconda, nel 1940, acquisì il diritto di disputare gli spareggi-promozione per il Državno prvenstvo, il campionato nazionale. Dopo aver superato in agilità Građanski Požega, Orijent e Slavija Varaždin, lo Željezničar ottenne la promozione nella massima divisione. Nell'estate del 1941 si fuse con lo ZEC (Zagrebačka električna centrala) e cambiò il nome in Hrvatski Željezničarski športski klub.[1]
Il 6 giugno 1945, il Ministro della salute pubblica dello Stato federale di Croazia sciolse il club, ma 3 giorni prima i lavoratori delle ferrovie e dei trasporti avevano fondato il Fizkulturno društvo Lokomotiva, quindi il club continuò ad operare all'interno della nuova società costituita.[1]
Nel secondo dopoguerra raccolse buoni risultati. Infatti nel 1946 fu ammessa nel massimo campionato jugoslavo, concludendo la stagione al terzo posto nel 1952. Retrocesse tuttavia nel 1957, per non tornare mai più ai vertici nazionali fino allo smembramento della Jugoslavia.[1]
La svolta avvenne nel 2006 allorquando la società, in quel momento decaduta nel torneo locale di quarta serie croata, strinse un accordo di simbiosi con la Dinamo Zagabria, divenendone la procacciatrice di giovani talenti. Ne risultò un cospicuo afflusso finanziario e un notevole innalzamento tecnico, che permise tre promozioni consecutive fino a raggiungere la massima categoria nel 2009.
La permanenza ad alti livelli della Lokomotiva Zagabria nella massima serie, ha determinato forti polemiche nei confronti della Dinamo Zagabria poiché eserciterebbe il controllo di campionato e la federazione calcistica nazionale.[2]
Lo stadio del club è situato nel quartiere di Kajzerica, ma essendo non adeguato alla massima serie ha giocato per anni allo Stadio Maksimir e gioca le partite interne allo Stadio Kranjčevićeva.
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