La nazionale lusitana fu assente nel mondiale del 1989, e non riuscì a qualificarsi ai mondiali del 1992 e 1996 né al primo campionato europeo di quest'ultimo anno. La sua prima partecipazione continentale risale all'edizione del 1999, venendo sorteggiata insieme a Belgio, Italia e Russia. Il Portogallo finì terzo nel girone, con due pareggi e una sconfitta, venendo eliminato. L'anno seguente la selezione lusitana partecipò per la prima volta al campionato mondiale nel quale superò sia il primo turno, insieme al Brasile, sia il secondo, insieme alla Spagna. Nelle semifinali il Portogallo fu superato nettamente dal Brasile per 8-0 ma si rifece vincendo la finale per il terzo posto contro la Russia.
Fallita la qualificazione al campionato europeo del 2001, il Portogallo centrò quella del 2003, uscendo però al primo turno. Al FIFA Futsal World Championship 2004, i lusitani superarono il primo turno ma vennero invece eliminati nel secondo, con quattro punti che però non bastarono per superare i sei della Spagna, poi vincitrice del torneo. All'Europeo dell'anno dopo, i lusitani furono eliminati di nuovo nella fase a gironi, mentre nell'edizione successiva degli Europei, dove erano padroni di casa, superarono il loro gruppo da secondi dietro l'Italia e a scapito di Rep. Ceca e Romania, per poi venire battuti ai rigori nelle semifinali dalla Spagna, campione d'Europa e del mondo in carica e poi vincitrice anche di quel torneo, e poi dalla Russia nella finale di consolazione. Il Portogallo fu eliminato nella fase a gironi anche nel Mondiale 2008.
L'Europeo 2010 vide il Portogallo venire accoppiato nel gruppo D insieme a Spagna e Bielorussia; gli iberici trionfarono senza problemi in entrambe le loro partite, e i portoghesi combinarono solo un pareggio a reti bianche contro la Bielorussia, ma passarono il turno a scapito di quest'ultima in virtù della differenza reti superiore. Nella fase ad eliminazione diretta, batterono prima la Serbia con facilità, poi l'Azerbaigian ai rigori, e persero infine la finle contro la Spagna. Due anni dopo, sempre in Europeo, il Portogallo superò il girone battendo sia la Serbia che l'Azerbaigian, ma poi fu eliminato ai quarti dall'Italia. Nel Mondiale dello stesso anno, Portogallo e Giappone passarono il turno ai gironi insieme al capolista Brasile con 4 punti; il Portogallo batté poi il Paraguay per 4-1, e ai quarti affrontò l'Italia, venendo infine sconfitto ai supplementari per 4-3.
L'Europeo 2014 vide il Portogallo e la Russia passare il loro girone con 4 punti a testa a scapito dei Paesi Bassi; ai quarti batté l'Ucraina per 2-1, ma perse poi alle semifinali per 4-3 contro l'Italia futura vincitrice, e poi la finale per il terzo posto contro la Spagna per 8-4. Il 2016 disputò sia Europeo che Mondiale. Nell'Europeo, finì secondo dietro la Serbia e davanti alla Slovenia, e passò il turno da secondo classificato, ma fu poi umiliato ai quarti per 6-2 dalla Spagna, futura vincitrice del torneo. Al mondiale, i portoghesi finirono primi il loro girone insieme alla Colombia padrona di casa, poi batterono la Costa Rica e l'Azerbaigian, ma in seguito furono sconfitti dall'Argentina per 5-2 nella semifinale e poi dall'Iran ai rigori nella finale di consolazione.
Nell'Europeo 2018, il Portogallo fu sorteggiato nel gruppo C insieme a Romania e Ucraina; batté entrambe le avversarie e passò il turno come primo classificato, seguito dagli ucraini. Sconfisse poi con molta facilità l'Azerbaigian, superò con difficoltà la Russia in semifinale e per la prima volta in finale sconfisse la Spagna per 3-2 ai supplementari, conseguendo così il suo primo trionfo continentale.
Nel Mondiale 2021 in Lituania, il Portogallo finì nel girone C affiancato da Marocco, Isole Salomone e Thailandia; terminò il gruppo primo con sette punti, dopo aver battuto facilmente i primi due avversari e poi pareggiato con il Marocco. Se la vide dunque con la Serbia agli ottavi e poi con la Spagna ai quarti, battendole entrambe ai supplementari, poi alle semifinali contro il Kazakistan fu costretto alla lotteria dei rigori, che superò di misura; vinse infine la finale contro l'Argentina e di conseguenza ottenne anche il suo primo trofeo mondiale.
Nell'Europeo 2022 nei Paesi Bassi, il Portogallo affrontò in sequenza Serbia (4-2), Paesi Bassi (4-1) e Ucraina (1-0), battendole tutte e tre e finendo il girone A a punteggio pieno; sconfisse poi la Finlandia ai quarti (3-2), la Spagna alle semifinali (idem) e la Russia in finale (4-2, nonostante un primo tempo in svantaggio per 0-2), ottenendo il suo secondo titolo europeo generale e consecutivo.
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