Centrocampista, Nayim crebbe nelle giovanili della squadra della sua città, il Ceuta, per poi passare al Barcellona, con cui fece anche alcune apparizioni in prima squadra tra il 1986 e il 1988, prima di trasferirsi in Inghilterra, dove indossò per quattro stagioni (1988-1992) la maglia del Tottenham. Nel 1991 la squadra vinse una FA Cup.
Tornò poi in Spagna, dove col Real Saragozza disputò 123 incontri in 4 stagioni (1992-1997), aiutando la squadra a vincere una Coppa del Re (1993-1994) e la successiva Coppa delle Coppe (1994-1995). Nella finale europea contro l'Arsenal fu suo il gol decisivo a meno di 20 secondi dalla fine dei supplementari, considerato uno dei più bei gol in campo europeo: lo mise a segno con un pallonetto da 45 metri che superò il portiere avversario David Seaman.[1] La rete del centrocampista colpì tanto l'immaginario collettivo che nel 2006 il piccolo comune aragonese di Trasmoz dedicò ad essa una strada, intitolata Calle Gol de Nayim.[2]
Da allora, è diventato allenatore in seconda del Ceuta e poi del Real Saragozza, fino a quando, dopo l'esonero dell'allenatore ed ex compagno di squadra José Aurelio Gay, non ha accettato il ruolo di vice di Javier Aguirre. [3]
Nayim non ha mai indossato la maglia della nazionale maggiore della Spagna, mentre vanta presenze con quelle giovanili: una con l'Under 19, quattro con l'Under-20 e una con l'Under-21.[senza fonte]