La NCA è stata criticata sia per l'uso improprio dei propri poteri sia per una percepita mancanza di efficacia; alcuni hanno sostenuto che questa percezione era dovuta al fatto che molte delle operazioni erano sotto copertura o comunque segrete.[senza fonte]
In passato fu criticata sia per i poteri ottenuti che per una percepita mancanza di efficacia, spesso a causa di operazioni sotto copertura estremamente riservate.
La NCA è stata chiusa nel 2002; questo è stato attribuito alle critiche che il suo presidente, Gary Crooke ha rivolto al primo ministro John Howard su molte questioni, in particolare sulla questione delle safe injecting rooms (strutture dove i tossicodipendenti possono consumare droghe sotto controllo medico).[senza fonte]