La stagione della National Basketball Development League 2003-2004 fu la terza edizione della NBDL. La stagione si concluse con la vittoria degli Asheville Altitude, che sconfissero gli Huntsville Flight 108-106 nella finale a gara unica, dopo i tempi supplementari.
Prima dell'inizio del campionato i Greenville Groove e i Mobile Revelers (questi ultimi campioni l'anno precedente) cessarono di esistere, e la NBDL vide ai nastri di partenza sei squadre.
