Si trova nella parte settentrionale della costellazione, in un'area completamente priva di stelle appariscenti, ed anzi una delle zone più oscure del cielo; la presenza, 7 gradi a SSW, del ben noto gruppo di M46 e M47 contribuisce a rendere questa zona ancora meno conosciuta ed oscura. In realtà, quest'ammasso è ben visibile anche con un piccolo binocolo, nel quale si presenta come una macchia chiara priva di stelle, dominata però a sud-est dalla stella giallognola di magnitudine 4,76, che parzialmente lo oscura. Un telescopio da 100mm è comunque sufficiente per risolverlo completamente in stelle.
La declinazione moderatamente australe di quest'ammasso favorisce gli osservatori dell'emisfero sud, sebbene si presenti circumpolare solo a partire da latitudini molto elevate; dall'emisfero boreale la sua osservazione risulta penalizzata soltanto dalle regioni situate a elevate latitudini settentrionali ed è osservabile da buona parte delle aree popolate della Terra.[4] Il periodo migliore per la sua osservazione nel cielo serale è quello compreso fra dicembre e aprile.
NGC 2539 è un ammasso moderatamente ricco e compatto, anche se è formato da stelle piuttosto deboli; la sua distanza è stimata attorno ai 1363 parsec (circa 4440 anni luce)[2] ed è quindi situato sul Braccio di Orione, in un suo ramo diretto verso l'esterno e a metà strada fra la Nebulosa Gabbiano e il complesso di Sh2-310.
L'ammasso possiede una sessantina di stelle, tutte comprese fra le magnitudini undicesima e tredicesima, racchiuse in un diametro apparente di 15'; se si considerano le stelle fino alla quindicesima grandezza, il numero di componenti triplica, raggiungendo le 160 unità in un diametro di 21', corrispondenti a 24 anni luce. NGC 2539 si trova a 760 anni luce dal piano galattico, così risulta poco oscurato dalla polvere interstellare; la sua età è stimata sui 650 milioni di anni, rendendosi così molto simile ad altri ammassi ben noti, come le Iadi, il Presepe e NGC 6633. La percentuale di carbonio e azoto determinata nelle sue giganti rosse è risultata essere praticamente identica a quella delle giganti delle Iadi; mancano inoltre stelle dalle caratteristiche esotiche, come le blue stragglers.[3]
^Una declinazione di 13°S equivale ad una distanza angolare dal polo sud celeste di 77°; il che equivale a dire che a sud del 77°S l'oggetto si presenta circumpolare, mentre a nord del 77°N l'oggetto non sorge mai.