A partire dal V secolo la città inizia un lento ma inevitabile declino, saccheggiata più volte dagli eserciti stranieri di passaggio, Visigoti, Vandali e Ostrogoti e, più tardi, Arabi e Bulgari. La riorganizzazione amministrativa e militare dell'Impero in epoca bizantina trasforma l'Epiro in un thema imperiale con capitale Naupacto, dove vengono trasferiti i titoli e le funzioni metropolitane che furono di Nicopoli, come attestano le Notitiae episcopatuum del patriarcato di Costantinopoli a partire da questo periodo.[3]
Di fatto dal X secolo non sono più noti metropoliti di Nicopoli, eccetto nel XII secolo, ma i loro titolari risiedevano oramai a Naupacto portando ancora per un certo periodo l'antico titolo di Nicopoli.
Fino alla prima metà del XIX secolo il territorio dell'odierna metropolia faceva parte della metropolia di Naupacto e Nicopoli, chiamata in alcuni momenti anche metropolia di Naupacto e Arta. In seguito alla guerra d'indipendenza greca e alla nascita dello stato greco nel 1829, la metropolia si trovò divisa in due. Sorsero così due nuove sedi episcopali autonome: la metropolia di Etolia e Akarnania nel nuovo stato greco e la metropolia di Arta e Prevesa nell'impero ottomano.[4]
L'annessione della Tessaglia alla Grecia nel 1881 determinò una nuova divisione, poichè la metropolia di Arta e Prevesa era divisa dal nuovo confine statale. Così la metropolia di Arta passò sotto la Chiesa di Grecia, mentre fu istituita la nuova metropolia di Nicopoli e Prevesa sotto l'autorità del Patriarcato ecumenico di Costantinopoli e con sede a Prevesa.[4]
Nel 1928 la sede di Nicopoli e Prevesa e tutte le altre diocesi del patriarcato di Costantinopoli in territorio greco liberate dall'occupazione ottomana nel 1912, furono affidate, tramite un accordo tra le parti, alle cure della Chiesa di Grecia.[5]
Cronotassi
Ambrogio Konstantinidis † (24 agosto 1881 - 4 giugno 1885 deceduto)
