Filippi, antica città della Grecia, ebbe il privilegio di ricevere l'annuncio del vangelo direttamente dalla predicazione di san Paolo,[4] durante il suo secondo viaggio missionario attorno all'anno 50 (Atti 16,12-40[5]). In seguito l'apostolo visitò la comunità altre due volte durante il suo terzo viaggio missionario (tra il 57 ed il 58; cfr. Atti 20,1-6[6]). Inoltre, la comunità di Filippi fu anche destinataria di una delle lettere dell'epistolario paolino, la lettera ai Filippesi. Secondo la tradizione, il primo vescovo fu Epafrodito, menzionato nella lettera ai Filippesi 4,10-20[7].
La diocesi di Cristopoli, suffraganea di Filippi, è attestata per la prima volta nella Notitia episcopatuum datata agli inizi del X secolo[9] e il suo primo vescovo noto è Doroteo, documentato nel 975[10]. In seguito, la diocesi divenne una arcidiocesiautocefala, cioè dipendente direttamente dal patriarca, e poi elevata al rango di metropolia, che attorno al XIV/XV secolo prese il nome di "metropolia di Kavala".[4][11] Una serie molto incompleta di vescovi e metropoliti di Cristopoli/Kavala è documentata fino al XVII secolo.[12] La decadenza della sede si fece sentire nel corso di questo secolo, per cui i patriarchi soppressero la metropolia che fu unita a quella di Drama nel dicembre 1617, e poi, nel 1721, alla metropolia di Xanthi e Periteorio.[4]
Nel 1928 la sede di Kavala, e tutte le altre diocesi del patriarcato di Costantinopoli in territorio greco liberate dall'occupazione ottomana nel 1912, furono affidate, tramite un accordo tra le parti, alle cure della Chiesa di Grecia.[15]
Nel 1930 la metropolia assunse il nome di "metropolia di Filippi e Neapoli", e poi, nel 1953, quello attuale, per l'incorporazione dell'isola di Taso, già appartenuto alla metropolia di Maronia.[14][16]