Soggiornò a Coimbra dove fu consigliere e confessore di personaggi d'alto rango. Nel 1577, fu inviato da Filippo II a Roma, dove restò fino alla sua morte. Nell'Urbe assunse la difesa di Bartolomé de Carranza, arcivescovo di Toledo accusato di eresia dall'Inquisizione. Il processo si concluse con l'assoluzione, grazie alla sua brillante strategia di difesa, sotto il pontificato di Pio V. Il teologo è stato successivamente apprezzato per le sue doti da papa Sisto V. Le sue spoglie sono conservate, secondo la sua volontà, nella chiesa di Sant'Antonio dei Portoghesi a Roma.
Noto teologo, giurista ed economista, è autore di numerosi saggi. Appartiene al filone di pensiero noto come Scuola di Salamanca e insieme ad altri gesuiti, domenicani e francescani, è considerato un precursore dell'economia classica. La sua analisi è rivolta allo studio dell'impatto economico dei metalli preziosi giunti dall'America. Si afferma come precursore della teoria quantitativa della moneta, notando la differenza tra potere d'acquisto della moneta nei vari paesi secondo la quantità di metallo prezioso che contiene. Martín Azpilcueta teorizza il concetto economico di preferenza temporale, ovvero, a parità di condizioni, il bene economico presente vale più di quello futuro, ponendosi così, nel preciso concetto dell'interesse sul prestito, come precursore della corrente di economisti nota come Scuola austriaca. Ha difeso con forza la legittimità di far pagare gli interessi sui prestiti, scontrandosi così con le teorie dominanti nella Chiesa cattolica.
(ES) Estudios sobre el Doctor Navarro : en el IV centenario de la muerte de Martín de Azpilcueta, Eunsa - Ediciones Universidad de Navarra, S.A. Barañáin, 1988.
(ES) Ramón Martínez Tapia, Filosofía política y derecho en el pensamiento del siglo XVI : el canonista Martín de Azpilcueta, Granada, Colegio Notarial de Granada, 1997.
(ES) Rodrigo Muñoz de Juana, Moral y economía en la obra de Martín de Azpilcueta, Eunsa, Ediciones Universidad de Navarra, S.A. Barañáin, 1998.
(ES) José María Recondo, El Doctor navarro don Martín de Azpilcueta, Pamplona, Fondo de Publicaciones del Gobierno de Navarra, Pamplona, 1987.
(IT) Fondazione Mansutti, Quaderni di sicurtà. Documenti di storia dell'assicurazione, a cura di M. Bonomelli, schede bibliografiche di C. Di Battista, note critiche di F. Mansutti, Milano, Electa, 2011, p. 57-58.
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