Maria Clementina e Francesco erano doppi primi cugini, in quanto avevano in comune gli stessi nonni.
Alta e snella, ben istruita e dal portamento regale, Maria Clementina era però pesantemente butterata dal vaiolo. Durante il viaggio che da Trieste la condusse a Foggia provò nostalgia per la corte viennese, che s'era lasciata per sempre alle spalle, ma, quando giunse in Puglia, seppe ciò nonostante comportarsi. Maria Carolina, sua zia e suocera, fu dapprima contenta della sua affettuosità, della sua freschezza e del suo buon senso, ma in seguito faticò sempre più a comprendere il carattere riservato che con lei mostrava. Viceversa, con il marito Francesco la principessa era ostinata e, come già la zia trent'anni prima, aveva troppa familiarità con le persone del suo seguito ed era propensa alle chiacchiere. Inoltre le continue carezze ch'era solita fare a Francesco davanti alle sue sorelle erano così indicative, che la regina dovette separare le principesse dalla giovane coppia, per evitare un precoce risveglio della loro sensualità. La coppia si dimostrò comunque unita, accomunata dal disdegno per la vita di corte, nonché dalla predilezione per i giochi di famiglia, le chiacchierate al chiaro di luna e le frivole conversazioni.
Maria Clementina e Francesco ebbero due figli. Alla nascita del suo unico maschio, Maria Clementina suscitò grande ammirazione nel regno, chiedendo quale premio per la nascita dell'erede la grazia per Luisa Sanfelice. Ma Ferdinando rifiutò di accondiscendere e la donna venne infine giustiziata. Morì a Napoli dopo aver dato alla luce un figlio l'anno precedente che aveva minato ulteriormente la sua salute. Colta, modesta, dignitosa e gentile, Maria Clementina si era col tempo conquistata la fiducia di tutti e l'opinione pubblica aveva ammirato la sua coraggiosa intercessione a favore della Sanfelice. De Nicola scrisse che " se avesse vissuto, e se fosse a capo del governo, avrebbe fatto la felicità del Regno... Siamo sotto la sferza di Dio, ed anche in questa morte vedo un castigo per noi". Fu sepolta nella basilica di Santa Chiara, a Napoli, con suo figlio.
