Skoko ha iniziato da professionista nel North Geelong Warriors, squadra australiana. Nel 1995 è andato in Europa, a giocare in Croazia, sua seconda patria, all'Hajduk Spalato, dove in quattro anni ha totalizzato 106 presenze. Nel 1999 si è trasferito al Genk (partecipando, tra l'altro, alla Champions 2002-03), e nel 2003 è stato acquistato dal Gençlerbirliği di Istanbul, con cui ha potuto anche giocare in Coppa UEFA. Nel 2005, scaduto il contratto coi turchi, si è accasato al Wigan, in Football League inglese. Il 7 gennaio 2006 è andato in prestito allo Stoke City, per tornare al Wigan all'inizio della stagione 2006-2007. Con Paul Scharner e Denny Landzaat è centrocampista titolare. Nell'estate 2008, viene rilasciato e firma per l'Hajduk.