Nato nel Connecticut, era figlio di Greg, un pompiere e autista di bus, e Mary, un'insegnante di scuola. Brandis ha cominciato la sua carriera in tenera età, recitando già a cinque anni in alcuni spot televisivi. Il suo debutto nel mondo dello spettacolo è in una pubblicità dei giochi della Fisher-Price. La sua seconda occasione è invece nei manifesti pubblicitari della Buster Brown Shoes. A sei anni, dopo un provino, vinse un ruolo nella soap opera Una vita da vivere. Fino al 1985, Jonathan ha recitato come modello in più di ottanta fra spot pubblicitari e campagne pubblicitarie, dopodiché i suoi genitori decisero di portarlo a Los Angeles, quando il ragazzo aveva nove anni, per tentare la carriera di attore.
Era anche apparso nella versione televisiva di It, tratto dal romanzo di Stephen King, ricoprendo il ruolo di Bill Denbrough da giovane.[1] Ha inoltre dato la voce a Mozenrath nella serie televisiva Aladdin, della Disney. Nella prima versione per il film Aladdin e il re dei ladri, il principale antagonista doveva essere Mozenrath, ma l'idea fu abbandonata perché Brandis non voleva riprendere il ruolo.
Dal 1995 al 1998, Brandis era fidanzato con l'attrice e cantante Tatyana Ali. La coppia apparve in un articolo sulla rivista People nel luglio 1995.[2]
Morte
La settimana prima di morire, Jonathan fece visita ai genitori e restò con loro per quattro giorni. Nessuno di loro scoprì che cosa avesse. L'11 novembre 2003, Brandis fu trovato impiccato nel corridoio del suo appartamento di Los Angeles: fu trasportato al Cedars-Sinai Medical Center dove morì il giorno successivo per le ferite riportate. Aveva 27 anni.[3]
Brandis non lasciò un biglietto d'addio.[4] Dopo la sua morte, gli amici riferirono che era depresso per il declino della sua carriera e che era rimasto deluso quando la sua apparizione nel dramma di guerra del 2002 Sotto corte marziale, un ruolo che sperava avrebbe rianimato la sua carriera, era stata fortemente ridotta nel montaggio finale del film. Brandis iniziò a bere molto e disse che intendeva uccidersi.[5]
