Nel 1938, il tenente generale Ernest Squires era stato nominato ispettore generale delle forze militari australiane. Lavarack e Squires lavorarono insieme per preparare l'Australia per la guerra, e Lavarack tornò da un tour in Gran Bretagna allo scoppio della seconda guerra mondiale. Lavarack venne promosso a tenente generale e Comandante Generale del comando meridionale. Nel 1940 prese il comando della 7ª Divisione, accettando anche una retrocessione a generale maggiore.
Nel 1941, il comandante in capo nel Medio Oriente, Lord Wavell, ordinò a Lavarack di posizionarsi a Tobruk, dove le sue unità riuscirono a respingere le forze di Erwin Rommel. Dopo ulteriori successi nella campagna Siria-Libano, Lavarack venne nuovamente promosso a tenente generale e ha assunto il ruolo di Blamey come comandante del I Corpo, con Blamey ora vice comandante in capo in Medio Oriente[1][2].
Nel 1946, Ned Hanlon, offrì il posto di governatore del Queensland al tenente generale Sir Leslie Morshead che rifiutò. Hanlon, poi, offrì il posto a Lavarack, che accettò e prestò giuramento il 1º ottobre 1946. Dopo aver terminato il suo mandato di cinque anni, nel 1951, il governatorato di Lavarack è stato prorogato di altri cinque anni. È stato poi riconfermato per un ulteriore anno dal 1º ottobre 1956 ma per motivi di salute, Lavarack servì solo per quattro mesi, anche se rimase ufficialmente governatore fino a settembre 1957.
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