Nel 1686 la Merian lasciò il marito e si trasferì con le due figlie e la vecchia madre presso una comunità religiosa a nord di Amsterdam[2]. Dopo infruttuosi tentativi di riconciliazione, Graff ritornò a Norimberga. Probabilmente, Johanna non rivide più suo padre[1].
Dopo il collasso finanziario della comunità[2], nel 1691, le quattro donne partirono alla volta di Amsterdam[1][2].
Johanna si sposò nel 1692 a Wieuwerd con Jacob Hendrik Herolt (1660-?), mercante ex labadista che commerciava col Suriname. Da questo matrimonio nacquero probabilmente uno o due figli[1].
Merian e le sue due figlie aprirono uno studio e si dedicarono alla pittura di piante, uccelli e insetti e crearono opere d'arte basate sui migliori acquerelli del Libro dei bruchi. Questo libro, costituito da due volumi, conteneva una serie di acquerelli di Anna Maria Sibylla Merian rappresentanti falene e farfalle in tutti gli stadi della loro metamorfosi, a partire dalle uova, fino ai bruchi e infine agli adulti[2].
Johanna Helena, assieme alla madre, lavorò per Agnes Block alla realizzazione di acquerelli delle piante del suo giardino. Inoltre fu assunta per eseguire rappresentazioni delle piante esotiche e rare dell'Orto botanico di Amsterdam[1].
Oltre al lavoro con la madre, realizzò anche una propria carriera come pittrice floreale. Le sue opere, come ad esempio Yellow Crown Imperial, sono caratterizzate da un aspetto scultoreo che accentua l'illusione del disegno[2].
Nel 1711 si recò in Suriname per studiare la fauna del posto e così contribuire con un'appendice sugli insetti al terzo volume del Libro dei bruchi contenente oltre 50 acquerelli della madre[2].
Probabilmente al comando di sua madre, rimasta in Suriname, catturava insetti, pesci e rettili da vendere ai collezionisti europei. Quando la madre, nel 1714, rimase parzialmente paralizzata a seguito di un colpo apoplettico, ritornò per breve tempo ad Amsterdam, dove eseguì alcuni dipinti sotto il nome di sua madre. Sembra che alcuni disegni di Johanna Herolt siano stati attribuiti alla più famosa madre. Alcuni lavori, come una foglia con tre topi e immagini di diversi fiori, germogli e insetti, portano la firma di entrambe le donne[1].
