Membro della famiglia Meyer, era figlio di Conrad. Studia il diritto dal 1562 a Basilea, Heidelberg e Orléans e consegue il dottorato a Padova nel 1567 prima di tornare nella sua città ed essere nominato giudice nel 1570. È tesoriere dal 1571 al 1577, presidente del tribunale matrimoniale dal 1572 al 1577, balivo di Merishausen e di Bargen dal 1574 al 1577. Ha in parallelo una carriera politica nel cantone: è nominato al Grande Consiglio quale rappresentante della corporazione dei panettieri dal 1570 al 1572, al Piccolo Consiglio dal 1572 al 1599. Diventa borgomastro di Sciaffusa dal 1577 al 1599; a questo posto, si occupa della costruzione della fortificazione del Munot e del ponte sul Reno. Nel 1582, è inviato a Parigi per il rinnovo dell'alleanza con la Francia.
Durante la sua carriera, è arbitro cantonale diverse volte: durante la guerra di Mulhouse nel 1587 o per la divisione del Canton Appenzello. Fugge da Sciaffusa nel 1599 dopo una bancarotta.
Muore nella miseria nel 1604.
Bibliografia
(DE) H.U. Wipf, Johann Conrad Meyer su Schaffhauser Beiträge zur Geschichte, 1991, numero 68