Questo sequel contiene numerosi personaggi nuovi, oltre che alcuni presenti già nel precedente gioco, mentre il gameplay è stato modificato e la grafica delle scene di intermezzo è passata dalla 2D alla 3D[2]. La storia ruota intorno al personaggio delle sorelle di Neptune, Noire e Blanc che devono salvare le Dee, dopo che queste sono state sconfitte e catturate dal malvagio Arfoire.
