Studiò medicina presso le università di Gottinga e Jena, ottenendo il dottorato di medicina nel 1869. Successivamente fu assistente di Carl Gerhardt (1833-1902), e direttore della clinica medica di Jena. Dal 1874 al 1880 lavorò presso l'Università di Würzburg, in veste di assistente per il farmacologo Franz von Rinecker (1811-1883).
Nel 1880 Emminghaus acquisì una cattedra presso l'Università di Dorpat. Quando lasciò Dorpat nel 1886, la sua posizione fu riempita da Emil Kraepelin (1856-1926). Nel 1886 Emminghaus diventò professore di psichiatria presso l'Università di Friburgo, dove istituì un nuovo regime per curare i pazienti con disturbi mentali.
La sua opera più prolifica è un libro sulla psicopatologia generale intitolata Allgemeine Psychopathologie zur Einführung in das Studium der Geistesstörungen e un'altra sulla malattia mentale infantile intitolata Die psychischen Störungen des Kindesalters. Dal 1984 vi è un premio chiamato "Hermann Emminghaus" che viene assegnato ogni due anni per insignire i lavori scientifici svoltasi nei settori della psichiatria infantile e adolescenziale.
Opere
Über hysterisches Irresein: Ein Beitrag zur Pathogenese der Geisteskrankheiten,1870.
Allgemeine Psychopathologie zur Einführung in das Studium der Geistesstörungen, 1878.
Über den Werth des klinischen Unterrichts in der Psychiatrie, Dorpat 1881.
Die psychischen Störungen des Kindesalters in: Gerhardt's "Handbuch der Kinderkrankheiten", Bd. VIII, Tubinga 1887.
