Figlio d'arte, nel 1790 aprì una propria bottega musicale con annessa stamperia. Fu da subito un autore prolifico di testi di teoria musicale, di estetica e di iniziazione all'arte, destinati specialmente a giovani studenti. I suoi scritti più importanti furono raccolti in Vorlesungen über Musik mit Berucksichtung der Dilettanten ("Letture sulla musica con riguardo ai dilettanti"[1]), pubblicato nel 1826. All'attività di maestro elementare unì quella delle due società di canto da lui fondate a Zurigo (in tedesco: Singinstitut nel 1805 e Sängervereine nel 1828).
Gran parte dell'output compositivo di Nägeli è composto da opere per tastiera e lied, con alcune canzoni. Il suo Gold'ne Abendsonne è stato adattato da altri autori per vari scopi. Una versione della melodia, cantata da un uccello piumato a Today (programma in onda su BBC Radio 4), è stata definita dai conduttori come "canzone popolare", ma appare anche in varie edizioni musicali del Salterio metrico (col nome di canzone di "Zurigo"), nelle quali è correttamente attribuita a Nägeli.
