Successivamente venne danneggiata da un siluro dell'U-106 alle 23:23 del 20 marzo 1941; questi attaccò la corazzata nascosto dall'ombra di un mercantile lanciando una salva di due siluri nella cattiva illuminazione di sinistra del convoglio SL-68, circa 250 miglia a ovest-nordovest delle isole di Capo Verde. Il sottotenente di vascello Jurgen Oesten udì le esplosioni dopo 2 minuti e 37 secondi e 3 minuti e 35 secondi. Un siluro danneggiò la Malaya e l'altro la Meerkerk. La Malaya fu colpita a sinistra subendo un considerevole danno, a causa dell'allagamento di diversi compartimenti si inclinò di 7°, ma riuscì a raggiungere Trinidad. Dopo alcune riparazioni temporanee proseguì per i cantieri navali della marina statunitense[4] di New York, dove rimase per quattro mesi.
Il 9 luglio al comando del capitano Cuthbert Coppinger, lasciò New York per un viaggio di prova raggiungendo Halifax per fornire protezione a un convoglio rapido urgente. Il giornale di bordo del Malaya indica per il 21 luglio 1941 «Imbarcati passeggeri e provviste per il Regno Unito. I passeggeri includono il maggior generale R. H. Dewing, DSO (ultimo Chief of Staff Far East), il maggiore W.E.H. Grylles, 15/19 Hussars e il sig. Cherry, cittadino americano.»
Durante questa traversata atlantica non venne persa alcuna nave e la Malaya arrivò il 28 luglio a Rosyth. Successivamente scortò convogli dal Regno Unito a Malta e a Città del Capo fino all'estate del 1943. Venne ritirata dal servizio attivo alla fine del 1944 e messa in riserva. Venne venduta il 20 febbraio 1948 alla Metal Industries e arrivò a Faslane il 12 aprile 1948 per essere smantellata. La campana della nave è esposta all'East India Club, in Londra.
Note
^La sigla SL identificava i convogli provenienti dalla Sierra Leone.
^La squadra tedesca tuttavia segnalò la posizione del convoglio ai sommergibili che incrociavano in quelle acque ed il convoglio SL-67 fu successivamente attaccato da 3 U-Boot che affondarono 7 navi, per 25.794 tonnellate di stazza. V. Léonce Peillard, op. cit., pag. 212.
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