Duperré comandò la flotta nella battaglia di Grand Port, nella quale fu ferito. Dal 1812 al 1814 comandò le forze navali francesi ed italiane. Il 5 febbraio 1830 Carlo X lo nominò comandante della flotta durante l'invasione di Algeri.
Nel novembre 1792 Duperré entrò in marina. Combatté Paesi Bassi e Gran Bretagna prima a bordo della corvettaMaire-Guiton, e poi della fregataTortu. Nel maggio 1796 divenne cadetto a bordo della Virginie. A giugno fu catturato dai britannici durante un combattimento notturno. Fu scambiato due anni dopo e promosso grado militare), assumendo il comando della corvetta Pélagie.
Duperré fu mandato all'Isle de France (oggi Mauritius) a bordo della fregata Bellone, battagliando con molte navi britanniche durante il tragitto, soprattutto il 3 luglio 1810. Il 23 agosto 1810 vinse la battaglia di Grand Port, distruggendo completamente uno squadrone britannico. Fu ferito durante questo scontro. Come ricompensa fu promosso contrammiraglio quando tornò in Francia nel settembre 1811.
Tra il 1812 ed il 1814 Duperré comandò le forze navali francesi ed italiane nel mar Mediterraneo e nell'Adriatico. Nel 1814 difese Venezia dall'Austria.
Nonostante Duperré sia stato criticato per la spedizione ad Algeri, Carlo X lo nominò comandante della flotta che scortò le truppe di Bourmont per deporre la reggenza algerina. La flotta dell'invasione di Algeri era composta da 103 navi da guerra, con 572 cargo, 35 000 soldati, 3 800 cavalli e 91 cannoni pesanti. Come premio per il suo apporto, il 16 luglio 1830 Duperré fu nominato parìa di Francia.
Monarchia di luglio
Dopo la Rivoluzione di luglio tutti i titoli di parìa furono cancellati. Duperré fu rinominato parìa di Francia da Luigi Filippo il 18 agosto 1830, e promosso ammiraglio nel marzo 1831. Impegnato in Africa, Duperré fu richiamato in Francia e nominato capo del consiglio dell'ammiragliato.
Il 18 novembre 1834 Duperré divenne ministro navale nel governo di Mortier. Mantenne lo stesso incarico anche nei governi de Broglie e Thiers, ed abbandonò l'incarico solo quando il governo Thiers cadde il 16 settembre 1836. Duperré fu richiamato in carica il 12 maggio 1839 nel secondo governo Soult. Nel 1840 fu respinto un progetto di bilancio redatto dal duca di Nemours, ed il governo cadde. Duperré tornò al ministero il 29 ottobre 1840 nel terzo governo Soult, finché non dovette ritirarsi per motivi di salute il 6 febbraio 1843.
Duperré morì il 2 novembre 1846. Fu l'ammiraglio Jean Tupinier a recitare l'elogio funebre nella camera dei pari di Francia.