Il 19 agosto 1919 Guillaume Mollat fu nominato professore di storia della Chiesa presso la Facoltà di teologia cattolica dell'Università di Strasburgo. Ha ricoperto la cattedra fino al 1945, seguita da una cattedra onoraria nello stesso posto.
Il suo lavoro come storico della Chiesa ha riguardato quasi esclusivamente il papato avignonese. Per la sua opera La question romaine de Pie VI à Pie XI meritò il Prix de l'Académie française nel 1933.
Introduction à l'étude du droit canonique et du droit civile, 1930.
La question romaine de Pie VI à Pie XI, Paris, 1932.
Lettres secrètes et curiales du pape Gregorius XI 1370-1378 relatives à la France, 1935.
Benoit XII (1334-1342): Lettres closes et patentes intéressant los pays autres que la France, publiées ou analysées d'après les registres du Vatican, volume 1, 1950.
Le roi de France et la collation plénière (pleno jure) des bénéfices ecclésiastiques étude suivie d'un appendice sur les formulaires de la Chancellerie Royale, 1951.
Les Papes d'Avignon (1305-1378), 1966.
La fiscalité pontificale en France au XIVe siècle (Période d'Avignon et grand schisme d'Occident), Albert Fontemoing éditeur, Parigi, 1905.