Il Grosser Preis des Kantons Aargau 1999, trentaseiesima edizione della corsa, si svolse il 2 maggio su un percorso di 196 km. Fu vinto dal lettone Romāns Vainšteins della Vini Caldirola-Sidermec davanti all'italiano Gabriele Missaglia e allo sloveno Gorazd Štangelj.