Il brano ha la peculiarità di essere uno dei primi ad utilizzare la parola God (Dio) nel proprio titolo. La canzone rappresenta anche una svolta più tecnica e sofisticata rispetto alla precedente produzione dei Beach Boys, e di qualunque altro gruppo pop dell'epoca, in particolar modo per la sua struttura melodica e per l'armonizzazione vocale dei cori. Nell'introduzione del brano è possibile sentire alcuni strumenti piuttosto inusuali per il genere, come il clavicembalo ed il corno.
Tony Asher ha notato l'ironia di come quella che è considerata una delle più celebri canzoni d'amore della musica pop, cominci con la frase: «I may not always love you» ("Io potrei non amarti per sempre"), benché in seguito tale affermazione venga smentita nel testo.
La rivista Mojo ha posizionato God Only Knows alla tredicesima posizione della classifica delle più grandi canzoni di tutti i tempi. Pitchfork l'ha nominata la più grande canzone degli anni sessanta. Inoltre il brano è alla posizione 25 della Lista delle 500 migliori canzoni stilata dalla rivista Rolling Stone.
Paul McCartney ha espresso in diverse occasioni il suo apprezzamento verso la canzone, citando il brano come il suo preferito di ogni tempo.[2]
Registrazione
La sezione strumentale della canzone venne registrata il 10 marzo 1966, allo studio Western Recorders, di Hollywood, in California. Ci vollero 20 take prima di ottenere la versione master definitiva approvata da Brian. Secondo quanto riferito da Brian Wilson stesso, molti dei musicisti che presenziarono alla seduta di incisione di God Only Knows affermarono che quella sessione era stata "l'esperienza musicale più magica e stupenda a cui avessero mai partecipato". Sempre secondo Wilson, in studio erano presenti 23 musicisti durante la registrazione di God Only Knows, anche se solo 16 sono quelli accreditati sul disco come partecipanti ufficiali. All'epoca, la presenza di 23 musicisti era un fatto eclatante per un disco di musica pop.
La traccia vocale fu registrata tra il marzo e l'aprile del '66 ai Columbia Studios. Il brano contiene tre voci. Carl Wilson è la voce solista principale, mentre Brian Wilson e Bruce Johnston cantano nei cori di sottofondo. Brian utilizzò la tecnica produttiva del double-tracking sulla voce di Carl, in modo da raddoppiare la traccia vocale e permettergli di dare l'impressione che stesse cantando contemporaneamente le stesse parti due volte, per donare alla registrazione un "sound" più ricco e saturo.