In giovane età rimase orfano per la morte del padre nel corso della prima guerra mondiale. Pur costretto a cambiare scuole, fin dalla scuola secondaria si dimostrò un ottimo studente.
La sua feconda attività venne interrotta dallo scoppio della seconda guerra mondiale. Gentzen svolse il servizio militare dal 1939 al 1941 occupandosi di telecomunicazioni; a causa delle sue cattive condizioni di salute trascorse tre mesi in un ospedale militare e venne quindi congedato. Tornato a Gottinga nel 1942 ottenne l'abilitazione all'insegnamento universitario con una tesi sulla Dimostrabilità e non dimostrabilità della induzione tranfinita ristretta nella teoria dei numeri elementare.
Nel 1943 ottenne un insegnamento all'Università tedesca di Praga e qui il 5 maggio 1945, in seguito alla rivolta dei praghesi, venne arrestato insieme a tutto il personale dell'università tedesca. A causa dei suoi trascorsi militari e politici (aveva aderito alle SA, al NSDAP e al NSD Dozentbund), venne internato dalle truppe russe in un campo di prigionia, dove morì poco dopo per inedia.
Bibliografia
Eckart Menzler-Trott, Gentzens Problem: Mathematische Logik im nationalsozialistischen Deutschland, Birkhäuser Verlag, 2001 ISBN 3-7643-6574-9
M. E. Szabo, Collected Papers of Gerhard Gentzen, North-Holland, 1969.
Jan von Plato, Saved from the Cellar. Gerhard Gentzen’s Shorthand Notes on Logic and Foundations of Mathematics, Dordrecht, Springer, 2017.