Viene chiamato in prima squadra da Jürgen Klinsmann sia in campionato che in Champions League, contro il Lione, senza essere impiegato in nessuno dei casi.
Da gennaio 2009 fino alla fine di giugno 2010 è in prestito allo Stoccarda, dove ha ottenuto l'esordio in Bundesliga. Il 11 febbraio 2010 Niedermeier firmato un contratto con lo Stoccarda fino al 2014.