Apparteneva alla stirpe aristocratica del Brandenburgo dei von der Schulenburg, che aveva dato alla storia numerosi militari e religiosi, e suo padre, il conte Werner von der Schulenburg, era discendente diretto del Reichsgraf generale Adolph Friedrich von der Schulenburg, nato conte Beetzendorf, ma sposando la figlia del celebre maresciallo Johann Matthias von der Schulenburg, ne acquisì il cognome e le sostanze; fratelli di Friedrich Werner erano Friedrich von der Schulenburg e Wedige von der Schulenburg.
Richiamato alle armi nel 1914, partecipò alla prima battaglia della Marna e nell'ottobre 1914 era capitano di fanteria; nel 1915 venne mandato a far parte della missione del generale Otto Liman von Sanders e del generale barone Friedrich Kress von Kressenstein in Turchia presso l'esercito turco come addestratore; inoltre partecipò come rappresentante tedesco ai moti avutisi in Georgia contro i russi con l'appoggio dei tedeschi e ricevette la Croce di Ferro.
Contrario all'invasione tedesca dell'URSS, tentò di sventarla in vari modi, anche mettendo sull'avviso i sovietici dei suoi sospetti in merito, inutilmente. Agli inizi delle ostilità russo-tedesche nel 1941, verrà rimpatriato dai sovietici via Turchia.
Grazie al nipote Fritz-Dietlov von der Schulenburg, iniziarono i contatti di Friedrich-Werner con la resistenza tedesca e con Carl Friedrich Goerdeler e con Henning von Tresckow, coi quali condivideva l'idea di eliminare Hitler e concludere una pace con gli Alleati, salvando la Germania dal disastro. Von der Schulenburg avrebbe fatto quindi parte del cosiddetto Governo Beck-Goerdeler che si sarebbe formato dopo la morte di Hitler, probabilmente con il ruolo di ministro degli esteri, o nel caso più probabilmente che Ulrich von Hassell occupasse questa carica, segretario di stato per gli esteri.
